Atomic Super Boss kann weder mit einer Hintergrundgeschichte, noch abwechslungsreichen Levels dienen, sondern beschränkt sich aufs Wesentliche: den (unzerstörbaren) Endgegner. Dieser muss möglichst lange befeuert werden (Z-Taste), während man den zahlreichen und ständig wechselnden Attacken ausweicht.